Духовные школы (Семинарии, Академии) предназначены, в первую очередь, для подготовки священнослужителей Церкви. Сейчас все Семинарии РПЦ переходят на Болонскую систему: обучение на бакалавриате длится 4 года (плюс начальный подготовительный курс), после которого выпускник имеет право подавать прошение на рукоположение в священнический сан (в диакона рукополагают после 3-го курса). Важное замечание: обучение в Духовной Школе не подразумевает обязательного посвящения в священный сан. Только по желанию студента.
В Семинарии изучают ряд церковных дисциплин. В первую очередь, это Священное Писание Ветхого и Нового Завета: история формирования, толкование. Помимо этого, изучается История - общецерковная, РПЦ, России, История Поместных Церквей и т. д. Практические дисциплины представлены в таких предметах, как: литургика (устав богослужения), Пастырское богословие (практические вопросы пастырского служения), Гомилетика (дисциплина о церковной проповеди), Сектоведение.
Важным предметом является Догматическое богословие (догматы Церкви). Каноническое право своим предметом имеет правила, каноны и другие церковные постановления.
Также изучаются произведения отцов и учителей Церкви - Патрология. Предметы Апологетика и Основное богословие занимаются обоснованием христианской веры с точки зрения философии, науки и т.д. Сравнительное богословие изучает, в основном, западные инославные исповедания (католичество, протестантизм).
Среди светских предметов изучаются: Русский язык (на 1-м или подготовительном курсе), Философия, Стилистика (Риторика), Логика, Педагогика, Психология, История религий. С недавнего времени введена обязательная Физкультура).
Студенты, переходящие на следующую ступень обучения - в магистратуру - более углубленно изучают ранее преподаваемые предметы и ряд новых предметов, которые определяются кафедрой. Если на бакалавриате нет деления по кафедрам, то, переходя в магистратуру, студент сдаёт экзамены на определенную кафедру. Традиционно, в РПЦ есть Библейская, Богословская, Историческая кафедры, а также кафедра Церковно-практических дисциплин, кафедра Древних языков. В Московской Духовной Академии с недавнего времени существуют кафедра Патрологии.
Как и в светском ВУЗе, следующей ступенью обучения является Аспирантура, где студент пишет и защищает кандидатскую работу.
Говоря о защите выпускных работ, нужно сказать, что по окончании бакалавриата студент защищает диплом, по окончании магистратуры - магистерскую работу (все как в обычном ВУЗе). Также, на выпускном курсе бакалавриата студенты сдают выпускные экзамены. С недавнего времени, например, в Санкт-Петербургской Духовной Академии студенты сдают комплексные экзамены перед комиссией своей Семинарии с видео-трансляцией в Учебный комитет, в Москву.
С прошлого года, студенты, окончившие ту или иную ступень обучения в центральных семинариях (Московская, Сретенская, Коломенская, СПб и др.) распределяются Учебным комитетом в дальние епархии, согласно запросам епископов, на 2 года. Это, своего рода, отработка за бесплатное обучение, проживание.
Описанные мной предметы и общие характеристики могут незначительно отличаться в одной или другой Семинарии, но не по существу.