Разница в предлоге и смысловом значении.
Уплатить -- что?Заплатить -- за что?
Уплачивать можно пошлину, налог, взнос. То есть указывается ЧТО мы уплачиваем.Заплатить можно ЗА что-то -- за товар, за проезд.