В перую очередь, конечно, размером, высотой. А иногда и форма у них разная. Например, английская строчная буква "r" отличается от прописной R как размером, так и формой. Также разные формы написания, например, у таких прописных и строчных букв: Gg, Hh, Qq и других.
Как и в любом другом языке, строчные и прописные буквы различаются по своему назначению. Строчная - это простая, рядовая буква в тексте. А с прописных (заглавных) букв начинаются первые слова в предложении, имена, названия, они используются в аббревиатурах.