Ретротранспозоны — подтип транспозонов, т.е. их нельзя друг с другом сравнивать. Тем не менее, постараюсь ответить на вопрос, несколько изменив его. Определим, для начала, понятие транспозона.
Транспозоны — последовательности ДНК, которые могут менять свою позицию в геноме. Делать они это могут двумя путями, на чём построено разделение транспозонов на ретротранспозоны и ДНК-транспозоны.
- Ретротранспозоны (также называемые транспозонами класса 1) работают по принципу "copy-paste", участок ДНК сначала транскрибируется, т.е. по нему строится молекула РНК, которая, после перемещения в другую часть генома, подвергается обратной транскрипции, т.е. на базе РНК синтезируется новая молекула ДНК.
- ДНК-транспозоны (транспозоны класса 2) работают по принципу "cut-insert" и не используют РНК в качестве информационного интермедиата — при помощи фермента транспозазы они просто "перепрыгивают" из одного участка генома в другой.
Иногда в эту классификацию вносят IS-элементы, но я предпочитаю рассматривать их отдельно.