Если не вдаваться в технические детали, то все отличия можно свести к этому:
Контекстная реклама имеет быстрый результат. Утром пополнили счет в рекламном кабинете - вечером уже падают заявки с сайта, кончились деньги на рекламу - сразу прекратились и заявки.
SEO продвижение - игра в долгую. Как правило, от начала работ до первых значимых результатов может пройти несколько месяцев. Зато можно остановить работы (хоть мы и не советуем), а посещаемость сайта будет на прежнем уровне (как минимум несколько месяцев).