Итак. По флоту я не большой профессионал, но ответ как вижу.
Если говорить о России, то:
1) Флотилия -оперативное соединение, флот - оперативно-стратегическое. Таким образом, флот в иерархии находится выше. В состав флота могут входить флотилии - так, в 1960-1990-х существовали флотилии подводных лодок, входившие в состав Северного и Тихоокеанского флотов; Сейчас, судя по открытым данным, тихоокеанский флот ВМС России состоит из двух флотилий - Камчатской и Приморской.
2) Флотилии, если они независимы, создаются, для действий на достаточно ограниченном ТВД. Каспийская флотилия - закрытое от Мирового Океана Каспийское море; Существовали и существуют речные флотилии (например, Амурская; в составе ряда ВС иностранных государств существуют речные флотилии - например, Дунайская флотилия в Румынии и Речная флотилия в Сербии)