По большому счёту бак водонагревателя схож с электрочайником, поэтому подойдут все известные вам средства для удаления накипи, только в бОльших объемах и концентрациях.
Это могут быть приготовленные самостоятельно растворы уксуса, лимонной кислоты, а могут быть специализированные средства для очистки от накипи. Какой бы вариант вы не выбрали, после очистки не забудьте тщательно промыть водонагреватель проточной водой, чтобы не вызвать проблемы со здоровьем.
А не проще установить антинакипный фильтр? Например, Акващит или любой его налог.