На самом деле этот вопрос не так уж и прост. С точки зрения стороннего наблюдателя эти две дисциплины действительно исследуют одно и то же. Молекулы. Но если квантовая физика исследует большие скопления молекул и интересуется почти всеми видами частиц, то квантовая химия исследует ансабли молекул, их превращения и свойства.