Наверное сразу нужно оговориться, что оба языка взаимопонятны их носителями, таким образом можно констатировать, что это очень близкородственные языки. Вместе с тем есть различия в основном в орфографии и лексике, особенно в части заимствований. Так, на лексический состав малайского языка характерны заимствования из английского, для индонезийского - нидерландского, также есть различия в фонетике, но весьма не занчительные, касающиеся редуцирования конечных безударных гласных. Если проводить некую демонстративно-гипотетическую параллель разница между малайским и индонезийским примерно такая-же как между британским и американским вариантами английского или нидерландским и фламандским.