Разница в обработке волокон. Как результат- микрофибра хорошо впитывает влагу, а флис её не впитывает, пропускает через себя, оставаясь при этом сухим.
Микрофибра - это не вид флиса. Флис - это трикотажное полотно, а не нетканный материал, как вы пишите.