Если человек прожил добрую и честную жизнь, но не нашёл церковь, считал религию ерундой, примет ли его Бог?

Зависит от того, сколько добра он сделал. Настоящего добра, а не того за которое хотел сам в своих глазах и глазах окружающих возвышаться. Ко многим духовным достижениям крайне сложно или практически невозможно приблизится без передачи себя во власть Духа Святого - никаким человеческим умом до этого просто не дойти. Ваша фраза  "считал религию ерундой" скорее всего не даст Ему возможности быть принятым. Она указывает на то, что человек ставит себя выше других, а значит укрепился в своей греховности, а не избавился от нее.