Ложноположительные или ложноотрицательные результаты иногда встречаются. Ложноположительный результат теста ИФА (данный тип анализа определяет не сам вирус, а антитела к нему). может быть у пациентов с аутоиммунной патологией, онкологическими заболеваниями, беременных женщин. В ПЦР-методе (метод молекулярно-генетического диагностирования) в таких случаях ложных результатов не бывает.
Ложноотрицательные результаты могут быть, если обследование проведено слишком рано, когда уровня антител к вирусу и антигена еще недостаточно для обнаружения тест-системой. Этот период называют «серологическим окном» или «период окна». Поэтому при рискованной ситуации тест рекомендовано пройти повторно через 3 месяца.