Логично предположить, что у квантовых компьютеров будет подобие GUI (возможно, построенное с применением привычных нам булевой алгебры и цифровых СБИС -- "посредник" для общения с непривычной квантовой технологией), так как в обозримом будущем это слишком удобный и привычный набор метафор, чтобы от него отказываться.
В настоящее время с квантовыми компьютерами взаимодействуют путём составления программы на особом языке программирования (например, Haskell-подобный QML) и загрузки её через интерфейс, представляющий из себя набор обычной двоичной логики (скорее всего, представляющий собой набор обыкновенных цифровых микросхем, см. выше). Аналогичным образом реализуются каналы ввода/вывода.
Квантовые языки программирования отличаются от обыкновенных в основном наличием особых типов данных, построенных вокруг идеи кубита -- квантового "аналога" двоичного бита, который может принимать не только определённые значения (например, "0" и "1"), но и находиться в состоянии суперпозиции.