Во первых сразу напрашивается вопрос - от какого бога? Если это бог авраамитов, то второй вопрос - про какую религию мы говорим? Ну и дальше надо определиться с конфессиями, которых хватает даже в иудаизме, а уж христиане и мусульмане разных конфессий между собой бывают настолько несогласны, что будучи представителями одной религии могут устраивать между собой священные войны (православные и католики, сунниты и шииты).
Но если говорить фундаментально - можно говорить про правителя-атеиста, что ему дана власть от Бога.
С точки зрения верующего, всё создано богом, включая людей, коим, предположу, правитель и является. И, в том числе, через людей бог воздействует на мир. А значит, пусть правитель это и не признает, он всё равно является божьим созданием и божественным инструментом воздействия на мир.
А с точки зрения правителя-атеиста, какая разница, какими бреднями люди забивают себе голову? Пока народ не разрушает государственный строй и не нарушает общественный порядок, пусть называют как хотят.