Причина проста - картины рисуются с натурщиц и натурщиков, а это - живые люди, и у них есть пупки.
Кроме того живопись это не документальная фотография, как правило в картины и иконы добавляют некоторые вещи которые добавляют смысл, либо упрощают восприятие человеком, либо просто делают картину лучше, а ведь живот без пупка это просто не красиво.
Возможно пупки всё таки были для дальнейшего генетического моделирования потомков
Это же фантазия художника. Насколько мне известно, ни в каком из святых писаний авраамических религий нет рисунков с изображением Адама и Евы. "Я художник, я так вижу".