Всегда считала, что, раз уж продукт имеет название на русском языке (геоинформационные системы), то и двойку нужно воспринимать в том же духе. Следовательно, ДваГИС.
Как человек, работавший в компании могу сказать: росле 2011 года все зависит о том, о чем именно идет речь: о компании или о продукте. Компания - ДубльГИС. Продукт - ДваГИС (в других странах вместо "два" версия на нужном языке).