Психологи не особо оперируют этим понятием, ибо оно больше принадлежит религии, нежели науке.
Если клиент использует слово "душа", то психолог говорит на его языке, т.е. пользуется тем же словом.
Если же вы "где-то в интернетах" видите человека, произносящего слово "душа" без должного основания (т.е. когда разговор не о духовности), то скорее всего этот человек -- не профессиональный психолог. Не то чтобы это 100%-ый признак, но обычно так. И что имеет в виду этот человек, лучше у него самого спросить.
В общении, если человек говорит "душа болит" или "душа радуется" -- значит он испытывает глубокие негативные эмоции, которые никак не может реализовать, или сильные позитивные эмоции. То есть в данном случае душа -- это то, что чувствует. Пожалуй, именно таким образом я воспринимаю это слово. Душа -- то, что чувствует, любит, страдает, радуется и т.п.
А вопрос о душе как об отдельной субстанции -- он духовный, религиозный, но никак не психологический.