Потому что какими бы хорошими ни были отношения, это отношения между двумя личностями и эти личности не идентичны друг другу, т.е. у каждой из них есть свое видение ситуации, свои желания, цели, стремления, мечты и т.д. Они просто не могут быть абсолютно одинаковыми для двух разных личностей. А значит рано или поздно обнаруживается конфликт интересов по какому-то вопросу, ну и этот конфликт порождает соответствующие эмоции...
Потому что люди не идеальны и даже в самых лучших отношениях будут иногда не слишком хорошие моменты, ссоры, споры и тд. Это совершенно нормально.