Unittest это стандартный тестировщик, идущий в комплекте установки. Pytest сторонний модуль. С точки зрения использования, unittest больше как стандарт и знать его желательно, может пригодиться, если есть необходимость накрутить тесты, а возможности поставить модули нет по каким то причинам. Мне больше зашел pytest за счёт своей информативности и более приятного интерфейса. Сложно сказать, что лучше, тут каждому своё.