Здравствуйте!Как создать второе окно я знаю, но чтобы оно было всегда по середине предыдущего окна(из которого оно было создано) я не знаю.

Можно узнать координаты первого окна, с помощью win32gui, его можно установить командой:

pip install win32gui

И, узнать координаты:

import win32gui

def callback(hwnd, extra):
    rect = win32gui.GetWindowRect(hwnd)
    x = rect[0]
    y = rect[1]
    w = rect[2] - x
    h = rect[3] - y

    print("Window %s:" % win32gui.GetWindowText(hwnd)) # Что за окно?
    print("\tLocation: (%d, %d)" % (x, y)) # Сама позиция

win32gui.EnumWindows(callback, None)

И, наконец, открыть новое окно, и изменить координаты с помощью geometry:

from tkinter import *

root = Tk()

root.geometry("500x100") # Указываем координаты


root.mainloop()