Здравствуйте, нужно больше уточнений.
На какой платформе сделан скрипт? Какой инструмент вы используете для вашей цели?
Могу предположить что вы сделали автоматическое нажатие именно кнопок (Python заставляет компьютер думать что нажимаются кнопки)
В таком случае, вы не сможете свернув игру работать за компьютером, так как кнопки будут нажиматься всегда.
Попробуйте написать вместо этого мод или плагин, который вы встроите внутрь майнкрафта. И вместо воспроизведения нажатия клавиш для компьютера, воспроизводите действие в майнкрафте.
Если же ваша программа работает по другому принципу, то попрошу уточнить как именно
Совет: Если вам требуется именно автокликер, то вполне рабочий способ, это отключить паузу при сворачивании комбинацией F3 + P, и зажав нужную клавишу нажать комбинацию клавиш F3 + T. Произойдет загрузка, в момент которой нужно будет отпустить клавишу, и она будет зажата до выхода в меню, или до следующего нажатия