В МКБ-10 диагнозы "Расстройство гендерной идентичности" включены как раз в блок психических расстройств. Сейчас в России действует именно этот нормативный документ.
В МКБ-11 эти же состояния переносят в отдельный блок, поскольку, во-первых, трансгендерность сама по себе не подразумевает эмоциональных и когнитивных, то есть умственных, нарушений, а, во-вторых, на сегодня основным направлением помощи таким людям является коррекция пола или переход (transition). Который часто, хотя и не всегда, включает использование половых гормонов (т.е. требует ещё и участия эндокринологов), а в ряде случаев предполагает и хирургические операции. То есть нужны иные врачи, с иными знаниями и навыками.
Кроме того, в случае с трансгендерными пациентами работа врача сводится не к попыткам изменить гендерную идентичность (показано уже, что это не работает), а к помощи в достижении соответствующего телесного состояния.
Для сравнения, если придти к психиатру с депрессией, врач будет подбирать лечение, которое вернёт эмоциональный фон к тому уровню, который был до болезни. Если у пациента психотический эпизод - то лечение тоже будет направлено на, грубо говоря, устранение галлюцинаций и голосов в голове (утрирую для простоты). С фобиями - будут бороться, ну и так далее. А если человек понимает, что пол при рождении не соответствует гендерной идентичности - стратегия врачей строится совершенно иначе. И это третий повод переноса расстройств гендерной идентичности в отдельный блок.
Впрочем, есть и четвёртый. Психиатрия - до сих пор отрасль стигматизированная, то есть признаться "я тут ходил к психиатру и не за справкой на права" людям обычно стыдно. Поэтому часто и пациентов с откровенно психиатрической симптоматикой (депрессивное расстройство, например) могут вести неврологи или терапевты, и некоторые "страшные" диагнозы переименовали ("маниакально-депрессивный психоз" - звучит как будто человек едва ли не печальный Ганнибал Лектер; переименовали в "биполярное расстройство"), и ту же трансгендерность решили вывести отдельно. Это вопрос элементарной этики и здравого смысла - зачем людям, у которых и так душевных сил немного, создавать дурацкие лишние проблемы?