Давайте определимся с терминами. Под Организационной структурой буду понимать схему отражающую подчиненность. Матрицу функция/ответственный буду рассматривать, как отдельный документ не входящий в Организационную структуру.
В большинстве случаев - изменения в организационной структуре влияет на протекание бизнес-процессов и наоборот. Обосную на примере:
Если Вы передали какую-нибудь функцию, например, курьерскую доставку на аутсорсинг, то в результате получим:
- изменение в орг. структуре - нет у нас больше курьеров, как минимум.
- изменение в бизнес-процессы. Целая цепочка процессов доставки "выпадает" из нашей системы и заменятся процессами взаимодействия с подрядчиком
Вообще, сколько не пытался, придумать ситуацию, когда изменение в организационной структуре (схеме, отражающей подчиненность в системе управления) не повлияет не бизнес-процессы - не смог. Даже если мы, например, просто переподчиняем отдел, то это все равно приведет к изменению управленческих Бизнес-процессов - изменятся исполнители процессов согласования и утверждения решений. Хотя "перечень и последовательность" работ по согласованию и утверждению может и не поменяться.
А вот обратные примеры есть! Если Вы оптимизировали процесс согласования документа, убрали лишний этап. То это может не повлиять на Организационную структуру. Напомню, что в моих границах системы, матрица Функция/Ответственный не входит в Орг. структуру.