Существуют ли какие-нибудь программы для проектирования архитектуры ПО или для автоматической генерации диздока?

Архитектура создается/проектируется в голове. Потом ее можно (нужно) переложить "на бумагу" с помощью, например, UML диаграмм.

Для этого я предпочитаю MS Visio.