Если ответчик считает ,что госпошлина с него была взыскана в завышенном размере, надо подать частную жалобу на определение о взыскании с ответчика судебных расходов (ст. 104 Гражданского процессуального кодекса РФ).
Попробуйте сослаться на ч. 1 ст. 98 ГПК РФ:
"В случае, если иск удовлетворен частично, указанные в настоящей статье судебные расходы (это и госпошлина в том числе) присуждаются истцу пропорционально размеру удовлетворенных судом исковых требований, а ответчику пропорционально той части исковых требований, в которой истцу отказано."