Альтернативных теорий в физике огромное число. Для справки отмечу, что тёмная материя и связанные с ней явления - это лишь малая часть тех гипотез, которые необходимо вводить, чтобы объяснить все те отклонения от старых теорий, которые наблюдаются в космологии. Потому рассмотрение альтернативы темной материи без рассмотрения альтернатив в целом по физике будет несколько неполным.
На мой взгляд наиболее целостное решение предлагает эфиродинамика. Это классическое направление в физике, которое получило достаточно широкое развитие в наше время. В ней используется механика эфира, как во многих классических теориях до начала 20-ого века. При этом удаётся непротиворечиво объединить все фундаментальные физические явления в единой модели в рамках механических соображений.
В частности преобразование Лоренца из теории относительности является полным аналогом преобразования Прандтля-Глауэрта для перехода от механики несжимаемой среды к сжимаемой.
Гравитация, к примеру, выводится из соображений термодиффузии эфира. Тогда удаётся избавиться от гравитационных нестыковок на дальних расстояниях от источника гравитации.
А весь электромагнетизм следует из закона Бернулли, теоремы Жуковского и закона сохранения количества движения в виде Лагранжевой производной.
Есть и много других достижений.