Для расчета сложной физики, типа численной гидродинамики, для моделирования процессов типа образования звёзд, для многопоточных вычислений, когда нужно сделать однотипную операцию много раз параллельно. Можно и без суперкомпьютера многое посчитать, но они просто чрезвычайно экономят время.