Бог должен отрицать Свободу Воли (все в мире происходит по его воле). Но фактически, свобода воли это дар Божий человеку. Это противоречие?

Да, это противоречие. Однако, наличие логических противоречий не является недопустимым в рамках религиозного мировоззрения. В науке подобное противоречие вызвало бы необходимость его разрешения, поскольку там на первое место ставится рациональность. Религия же находится на противоположном полюсе шкалы «рациональность – иррациональность». Рациональные элементы конечно же в религиозном сознании присутствуют (заповеди выражены дискурсивно, в развитых формах религии есть теологическая составляющая и т. п.), однако иррациональное, противоречащее логике не считается недопустимым, скорее даже наоборот. Тертуллиан емко выразил рассматриваемую ситуацию фразой «credo quia absurdum» – «верую, ибо абсурдно».