Полагаю, что это было проблемой не только Российско империи, но и подавляющего большинства других государств, особенно империй.
Причинами всех этих социальных конфликтов, если максимально широко обобщить имеющуюся информацию, было нежелание участников восстаний и бунтов мириться с текущим положением дел.
Кому-то было голодно, кому-то приходилось слишком много трудиться и слишком мало получать, кто-то выступал против новых порядков. Причем всегда источником собственных бед эти несчастные считали кого-то определенного (представителей аристократии, зажиточное население, землевладельцев, иноверцев и пр.).
Чем сложнее был состав общества (в этническом ли, конфессиональном ли, экономическом ли или каком-то другом плане), тем чаще эти проблемы возникали. В больших имперских государствах все было именно так!