Не претендую на полноту ответа, но наверное он поможет сориентироваться на базовом уровне. В начале хочу посоветовать коллективную монографию "Очерки русской культуры XIII-XV вв.", которая вышла в 1969 году и содержит обобщение известных на тот момент сведений, в том числе, о материальном производстве. Книгу легко найти в сети. Понятно, что в XVI-XVII веках процесс добычи полезных ископаемых развивался и расширялся.
Первое ископаемое, которое приходит на ум, это соль. Соль добывали путём вываривания из рассола, в качестве которого либо использовали природную минеральную воду (как в Старой Руссе), либо закачивая воду в соляные месторождения, как в других местах. Список известный соляных промыслов на начало XVI века: побережье Белого моря, районы Старой Руссы, Северной Двины, Вологды, Галича (Мерьского), Соли Галицкой, Вычегды, Торжка, Городца на Волге, Переяславля-Залесского, Ростова, Юрьева Польского и Суздаля, Соль Камская, Стародубский уезд. Как видите, география довольно обширная, и в XVI-XVII веках она ещё расширялась. В упомянутой книге есть подробнейшее описание процесса добычи в разных его вариациях. А в Старой Руссе в музее "Усадьба рушанина" можно вживую посмотреть на реконструкцию солеварения и даже купить соль, произведённую по средневековой технологии.
Важнейшим ископаемым была железная руда. Её добывали практически повсеместно, но были свои центры производства. Например, Водская пятина Новгородской земли, месторождения под Москвой, в Кашире, Устюжне, Карелии, Туле и уральские заводы Строгановых и Демидовых, а также в Поволжье и на Украине. Но повторюсь, в небольших количествах руду добывали практически повсеместно.
Так как масштабы производства были относительно небольшие, пока что можно было мириться с низким качеством этих руд по современным меркам.
Небольшие медные месторождения были известны с XV века на Печоре, в Олонецком крае, на реке Цильме на Урале. Но активно медь и серебро стали разведывать в XVII веке, на Урале. Первый медоплавильный завод был открыт в нынешнем Пермском крае в с. Пыскор. Рядом находилось два новооткрытых месторождения, Григорьевское и Кужгортское. А серебряные месторождения удалось найти лишь к концу XVII века в Забайкалье, где 1676 году был открыт Нерчинский серебряноплавильный завод.
Слюду с XVI века добывали в Карелии, и после начала торговли с Англией через Белое море, она быстро стала одним из основных экспортных товаров. В XVII веке был открыт целый ряд месторождений слюды в разных частях Сибири.
По берегам рек Северо-Восточной Руси добывался пирит, из которого получали серу и железный купорос, которые использовали в различных производствах.
Понятное дело, что повсеместной была добыча глины для гончарного производства и других целей.
Из болотной железной руды получали охру, также широко распространена была добыча умбры (красителя из железистой глины).
Из почвы определённого типа - "селитренных земель", получали селитру. Стоит ли считать месторождениями помойные ямы, в которых эти почвы формировались?
Также добывали или изготавливали из доступных реактивов такие вещества как квасцы, купоросы, нашатырь, сурьму, буру, мышьяк, сурик, ртуть и киноварь (киноварь также делали искусственную из ртути и серы). Но точные месторождения мне неизвестны.
Такие важные металлы, как свинец и олово, как я понял, были только привозные. Но и значительная часть железа и других ископаемых, вплоть до соли - тоже.
Также хочу заметить, что значительную функцию нынешних ископаемых брали на себя леса, которые вырубались в огромнейших масштабах для всеразличных производств - отопления, и варки соли, и металлургии, и производства поташа, и для многого другого.
Спасибо за вопрос, давно хотел подробнее разобраться сам в этой теме!