Почему некоторых женщин считали ведьмами? Это было связано с внешними признаками? И чем ведьма отличалась от знахарки, травницы?

Боюсь, вы даже не представляете, насколько колоссален по объёму вопрос :) Ведь судя по упоминанию колдовства ещё в Законах Хаммурапи (первый в истории свод законов, полностью до нас дошедший), так или иначе эта тема волнует человечество на протяжении вообще всей истории цивилизации. И практически во всех регионах мира.

Естественно, многообразие при этом огромное. Даже если взять довольно узкий вариант — Западную Европу во время "охоты на ведьм" (то есть с конца XV по начало XVIII века), то и тут... Ну, 2/3 "Молота ведьм" посвящено тому, каковы признаки колдовства и как его изобличить. Советую почитать, благо что на русском текст легко доступен: по поводу тех же внешних признаков там море информации.

А это только католическая книжка: у протестантов возникла масса своих тенденций (вроде того, скажем, как часто они обращались к показаниям детей, считая тех безгрешными).

И даже в рамках этого сектора будут свои региональные особенности: взять Ирландию, где сохранились языческие суеверия на тему фэйри, так что ведовская тема не обходилась без подозрений на "подменышей".

Ну и опять-таки, почему именно женщин? Мужчин по этому поводу также преследовали постоянно и повсеместно. В наиболее "горячий" период для Европы — да, реже чем женщин, но для преследований колдовства в Европе в целом (т.е. не только с момента публикации "Молота ведьм") та же Ольга Тогоева, отличный по теме специалист, утверждала — мужчин вообще пострадало больше.

В целом же главным ответом на вопрос "почему" я считаю социальный фактор. Если начать вдумчиво изучать ведовские процессы на разных территориях в разное время (чем я активно занимаюсь уже много лет), то быстро становится ясно: практически каждая такая история имеет одни и те же истоки в неких объективных тяготах жизни. Вот где ни возьми: всё "после неурожая", "во время эпидемии", "после набега врагов"... Поиск ведьм постоянно начинался в подобных ситуациях, причём что среди простых людей, что по воле сильных мира сего (достаточно вспомнить Якова VI — начало шекспировского "Макбета" ссылается на реальную историю о том, как он начал в Шотландии охоту на ведьм, посчитав, что из-за них чуть не стал жертвой кораблекрушения).

А когда активно ищут виноватых — они всегда находятся, как известно. Тут что с политическими репрессиями, что с ведьмами...