Проблемы не с останками, они те, а с признанием их обществом. За 30 лет с момента их обнаружения в 1991 г. возникли целые сообщетсва в том числе и в религиозной среде, которые поверили всяким газетным статьям 90-х 200-х, но в большей степени книге следователя Соколова, где утверждается, что они сожжены на Ганиной яме. Так как Соколов был "белым" следователем, а в то время (да и сейчас тоже) к советским источникам доверия не было, то это породило богатую почву для фантазий, вроде отчленённых голов, "чудесных спасений" княжон, цесаревича и т.п. Вот из-за возможного раскола своей паствы церковь и не торопится с признанием, лишняя смута там сейчас никому не нужна.
Такие же как и любое другое поклонение мёртвым телам - что есть идолопоклонство и мерзость запущения. У РПЦ по мимо этого множество и других проблем перед Богом и верой в Него...