По той же причине, по которой у нас "особо не трогали" представителей народов Крайнего Севера. Смысл?
Индейцы-то населяли территории, благоприятные для земледелия и пастбищ. Там самое оно было белому человеку захватить землю и обустроиться, послав местных куда подальше. Эскимосы же, как и упомянутые наши северные народности, жили и живут в районах с крайне тяжёлыми условиями - на холоде, где и вырастить-то ничего невозможно, и где для среднего европейца вообще ад, хоть и не жаркий.
Поэтому, куда выгоднее просто переписать, обложить каким-то налогом типа ясака на шкурки и т.д. Какое-то количество заразить болезнями, познакомить с алкоголем - ну так это, что называется, побочные явления. В христианство (хотя бы формально) обратить; а так - всё.