Если говорить образно, то микроистория - это изучение истории при помощи микроскопа (тогда как макроистория - это использование телескопа). Приведу хорошую цитату из статьи Х. Медик:
Вместо того чтобы оперировать категориями макроисторических субстанций (семья, индивид, государство, индустриализация), микроисторические исследования осуществляют экспериментальное изучение сети социальных отношений и типов поведения, конечно, никогда не замыкающееся только на них самих, а всегда учитывающее также общественные, экономические, культурные и политические условия и отношения, которые действуют и выражаются через них и даже вопреки им. Таким образом открывается возможность нового взгляда на становление исторических структур, а также на кратко- и среднесрочные исторические процессы.
То есть микроистория спускается на уровень локальных сообществ и изучает существующие внутри них социальные связи. При этом это не история повседневности (где исследуются в первую очередь особенности быта), а скорее социальная антропология, где больше внимания уделяется логике поведения человека исходя из существующих социальных связей в условиях широкого контекста. То есть микроистория - это про то, почему человек ведет себя так в тех или иных условиях, иногда вопреки каким-то общим тенденциям, а иногда - вполне в их русле. Соответственно микроистория может изучать те "исключения", которые не ложатся в логику макроисторического процесса, но при этом являются нормой для локального сообщества.
Что касается недостатков, то я бы скорее говорил просто об особой оптике. Микроскопом бессмысленно изучать слона. Поэтому проблемы будут только при попытке переноса выводов с локального уровня на глобальный. Но профессионалы обычно таким не грешат, понимая ограниченность той или иной методологии.