По какой причине в средние века началась непримиримая борьба с проявлениями народной (языческой) музыкальной культуры?

Дело в том, что древнерусская музыка церковная и музыка народная всегда находились в оппозиции. Причина этого искусственные привнесения в культуру официальную, основой которой был византийский канон. И этот канон вступал в конфликт с народной музыкой, которая имела глубокие национальные корни (была глубоко укоренена в сердцах людских).

Это противостояние привело к тому, что по указу Алексея Михайловича "тишайшего" на площадях городов и сел начали сжигать гусли, дудки и другие народные музыкальные инструменты как магические и бесовские. Не трогали лишь домры.

Вот, почему создатели древнерусской музыки и песен со временем стали совмещать новые христианские эстетические правила и устоявшиеся привычные, но при этом языческие подходы в музыке и в культуре того времени.

Кстати, церковная музыка и послужила прообразом профессиональной академической музыкальной школы.