Первый в истории функциональный продукт - это, по-видимому, йодированная соль, которую впервые начали применять в США в 1924 году, из-за дефицита йода в пище в целом ряде регионов. Это было мерой профилактики, которая предельно простым и дешевым способом предупреждала развитие целого ряда заболеваний. Затем стали обогащать муку - витаминами и железом. Первоначально эти добавки должны были восполнить потери витаминов при помоле и просеивании муки (цельнозерновая мука хуже для выпечки и намного быстрее портится, поэтому она всегда была менее популярна). Сейчас функциональные продукты с повышенной пищевой ценностью призваны также восполнить нехватку ценных пищевых веществ, вызванную снижением как общего количества потребляемой пищи, так и количества здоровой пищи. Как цельная система, функциональное питание зародилось в Японии в 1980-х и было направлено на оздоровление нации и снижение расходов на здравоохранение. К функциональным продуктам там относят не только продукты с модифицированным составом, но и любые продукты, критически важные для сблансированного питания. Сейчас в мире под функциональными продуктами могут понимать как модифицированные продукты («любой модифицированный пищевой продукт или пищевой ингредиент, который, помимо традиционной пищевой ценности, может принести пользу для здоровья»), так и немодифицированные («продукты питания, которые благодаря наличию физиологически активных компонентов, помимо базового питания обеспечивают пользу для здоровья») - например, цельнозерновые. Помимо добавления витаминов, микроэлементов и ценных макронутриентов типа омеги-3, используют и биологическое воздействие, например, ферментацию специальными заквасками для улучшения аминокислотного состава и генную инженерию, чтобы повысить в некоторых овощах содержание особо ценных полезных веществ.