Одобряю ответ Сергея. От себя дополню - если кулер слишком шумный, то можно чуть убавить ему оборотов, включив в разрыв провода сопротивление несколько Ом. Но это придётся заморачиваться с пайкой и подбором.
Себе когда-то цеплял 12В кулер к разъёму +5В - всё работало, но это был дополнительный кулер на старую видяху с пассивным охлаждением. Основной проще цеплять к 12В. Обязательно соблюдать полярность!
Теоретически, кулер можно цеплять к дополнительным разъёмам на материнке, тогда им можно будет управлять. Но если не получится настроить - повторится засада.
Причина - битые драйвера (вот и не управляется). Либо сбой прошивки видяхи.