Дело может быть в том, что вы не укладываетесь в фазовый цикл сна.
Цикл сна: 75-80% занимает длительная фаза или фаза медленного сна (ФМС) и 20-25% минут фаза "быстрых движений глаз" или фаза быстрого сна (ФБС), короткая фаза.
Источник. Всего цикл длится в среднем 1,5 часа +/- несколько минут индивидуально.
Если вы просыпаетесь в ФБС - то можете чувствовать себя хорошо, если в ФМС - плохо, так как проснуться из фазы, где преобладает в основном дельта-ритм (0,5-3Гц) и тета-ритм (4-7Гц), сразу прыгнув в бета-ритм (14 + Гц) - достаточно более сложная задача для мозга, нежели из условного альфа-ритма (8-13 Гц) или даже бета-ритма (14+ Гц), так как ЭЭГ при ФБС показывает быстроволновую активность как при бодрствовании.
Остальную более подробную инфо вы можете прочесть в источнике (написано действительно подробно и интересно).
Успехов :)