Скорее всего проблема с камерой сгорания. Не хватает кислорода или происходит неполное сгорание топлива. А причиной может быть неправильная регулировка топлива на ТНВД, износ форсунок.
Так же частой причиной черного дыма из выхлопной трубы может быть плохое дизельное топливо. Скорее всего очень низкое цетановое число. Можно попробовать перейти на качественное топливо известного бренда или залить присадку для поднятия цетанового числа. Если проблема не уйдёт, то дело не в топливе.