Во первых — если игра идёт в М/П, то лучше делать его там, где копать не будут почти никогда, т.е. в общем городе, например. Также не стоит строить его слишком глубоко.
Во вторых — не стоит использовать в нём слишком много поршневых схем, а то из-за шумов у вас могут быть проблемы с секретностью.
В третьих — если бункер в аду, то стоит либо делать его стены из булыжника, либо покрыть их булыжником.
Итак, бункер в зависимости от целей можно делать:
с одной или двумя секретными комнатами с ресурсами или станками;
просто секретный склад сундуков;
бункер с кучей редстоуна.
А в качестве строительного материала можно использовать почти любой блок — от энд-кирпича и кварца до андезита и камня.