Микрофлору отчасти должен контролировать наш иммунитет. Поэтому да, видимо, его ресурсов не хватает, чтобы в полной мере сдерживать рост патогенов или условных патогенов.
Иммунитету можно помочь, наладив питание, исключив из него сахар и мучное. Наладить сон. Научиться справляться со стрессами. Возможно, есть ещё какие-то инфекции или воспаления - зубы, кишечник. Это тоже влияет.