Смотря какую цель ставите перед этим. И что имеете ввиду разные интернет магазины. Есть понятие сделать сайт на разных доменах и поддоменах. Если мы говорим про Seo продвижение, то там делают один магазин на разных поддоменах. Нужно уточнение.
Если речь не про домены, то смыла делать разные нет