Как и у любого другого вида рекламы. Например, таргетом сложно найти аудиторию в сфере b2b и топ-менеджмент каких-либо компаний.
Иногда сбоит геотаргетинг, т.е. соцсеть неверно определяет местоположение пользователя (вконтакте это часто бывает) и показывает таргет людям из городов, на которые его не настраивали.
И еще: таргетом цепляется менее теплая аудитория, чем контекстом, для нее нужно и больше касаний, и больше времени на принятие решений, т.е. с ней нужно дольше и активнее работать.
Но плюсов у нее намного больше.