Если вы используете sklearn, то вам необходимо при инициализации дерева с помощью функции DecisionTreeClassifier в параметре max_depth указать желаемое значение максимальной глубины дерева. Делается это для предотвращения переобучения деревьев, чтобы в них не создавались лишние узлы (условия). Ещё для предотвращения переобучения рекомендую объединять деревья в случайные леса. Для этого существует функция RandomForestClassifier.