Никто (кроме самих школьников, проходящих обучения в настоящий момент) на ваш вопрос однозначно не ответит, каждый назовет предмет, с которым он/его дети испытывали трудности.
Можно было бы поразмышлять, что математика является очень сложным предметом (особенно отдельные ее разделы), но отличник или школьник, у которого хорошие отношения с учителем, скажет, что предмет несложный, а вот история, например, наоборот. Тут, помимо подобных субъективных причин, значение имеют и предрасположенности самого ученика (легко ли он осваивает логику математических расчетов или ему проще прочитать и пересказать текст по литературе или истории, а, может, он никак не может разобраться с премудростями иностранного языка, и английский является для него самым сложным предметом).
Кстати, если уж совсем начать придираться, то можно сказать, что физкультура будет самым сложным предметом для тех, у кого есть какие-то проблемы с физической подготовкой. Или же музыка будет сложна для тех учеников, у кого нет музыкального слуха.
Традиционно больше проблем возникает с точными науками, например, с физикой и химией, в силу того, что приходится знакомиться с материалом, который с ежедневной жизнью имеет не так много пересечений (именно в научном плане!), и зачастую приходится заучивать материал без особого его понимания.
На самом деле, только войдя во взрослую жизнь, понимаешь, насколько школьные переживания легко преодолимы, и стоит помогать детям эти тревоги проходить с большей легкостью. Да, учеба в школе очень важна для общего развития, чтобы в дальнейшем было бы проще, но она не должна ставиться самоцелью (или одержимостью). К тому же важно понимать, что общее образование, которое дается в школе, построено так, что каждый среднестатистический школьник может его освоить (по крайней мере, получить представление обо всех предметах).