Отличный вопрос. На самом деле не так важно, в каком порядке вы будете делать конспекты. Ко второму курсу вы уже поняли, как лучше усваивается материал, поэтому следует идти по этому пути.
Как правило, лекторы останавливаются на наиболее сложном материале, и львиная часть учебы в вузе состоит из того, что вы сами читаете. Тонким моментом тут является то, что не всегда излагаемый на лекциях материал будет совпадать с теорией, которую вы изучаете самостоятельно. Конечно, при изучении физики таких разночтений практически не существует (по сравнению с гуманитарными науками). Тем не менее, чтобы не делать двойную работу, стоит за основу брать лекции, а затем разбирать этот вопрос дополнительно самостоятельно на основе учебников.
На практике преподаватели часто просят студентов ознакомиться с теоретическими вопросами самостоятельно накануне лекции, чтобы они уже обладали какой-то базой и понятийным аппаратом: тогда и усвоение преподаваемого материалы будет легче, и вся информация будет разложена по полочкам преподавателем. К тому же в ходе лекции преподаватель укажет на те моменты, на которые вам следует обратить внимание в ходе самоподготовки. Иначе вы рискуете не вычленить действительно нужную информацию и сосредоточить внимание на менее важном, а в погоне за объемом – упустить качество.
Согласимся с предыдущим ответом, что ценность вуза в том, что вас учат подходу к освоению материала и помогают его лучше понят; иначе все изучать можно было бы самостоятельно, не выходя из дома.
В этой связи оптимальным было бы обратиться к вашему преподавателю: наверняка ему это очень понравится, так как далеко не все студенты выказывают интерес к учебе. Он и посоветует, как лучше подойти к изучению материала, и порекомендует необходимые учебники и/или дополнительные материалы.