При продаже коммерческого помещения, которое недолго сдавалось мною в аренду в качестве ИП, какой налог нужно будет заплатить?

В вопросе не хватает пары значимых деталей:
1) Имеет ли ИП среди видов своей деятельности ОКВЭД 68.20 «Аренда и управление собственным или арендованным недвижимым имуществом»;
2) Является ли ИП резидентом (в нынешних условиях  этот нюанс уже тоже актуален);
3) Какой срок физ.лицо, указанное в вопросе, как ИП владело имуществом до продажи;
4) Какой режим налогообложения использует ИП;

Вариант 1
В договоре аренды ИП указан в качестве арендодателя, но в выписке ЕГРИП данного ИП отсутствуют сведения о том, что он занимается сдачей в аренду своего помещения (не указан соответствующий ОКВЭД). 
В таком случае налоговая может расценить спорную недвижимость как объект, не используемый в коммерческой деятельности. Как следствие, в России он будет облагаться налогом НДФЛ 13% (для резидентов РФ) или 15% (для нерезидентов РФ). 
НО еще стоит учесть, что в ряде случаев от налога лицо может быть освобождено. Для налоговых резидентов такое освобождение применяется в отношении объектов недвижимости, приобретенных в собственность после 01.01.2016, а для нерезидентов РФ - в отношении имущества независимо от даты его приобретения. 
Примечание:  коммерческая недвижимость называется таковой потому что непосредственный ее пользователь (собственник при личном использовании, арендатор при аренде) использует ее в своей коммерческой деятельности. Физлицо может сдавать торговый склад в аренду торговой компании. Недвижимость будет признаваться коммерческой т.к. используется арендатором для своей торговой (коммерческой) деятельности. При этом говорить о том, что данная недвижимость используется в коммерческой деятельности физ.лица только потому, что он получает арендную плату - нельзя. Если же физ.лицо регистрируется, как ИП и указывает, что одним из видов его коммерческой деятельности является сдачу помещений в аренду, объект признается используемым в коммерческой деятельности для целей применения к нему соответствующих режимов налогообложения (см. Письмо Минфина от 13.08.2013 № 03-11-11/32808)

Вариант 2
В договоре аренды ИП указан в качестве арендодателя, а в выписке ЕГИП данного ИП имеется указание на осуществление деятельности в т.ч. ОКВЭД 68.20. В указанных обстоятельствах уже действительно будет иметь значение налоговый режим, используемый ИП. И тут уже будут в полной мере применяться ответы моих коллег, в частности Дмитрия Новохатько и Александра Смирнова. Повторять не стану.
Примечание: принцип освобождении от налога в зависимости от даты приобретения недвижимости, как используется для физ.лиц, для ИП применяться не будет.