Добрый вечер.
Хороший вопрос.
Наверное бесит больше отсутствие структуры (но такое редко встречается)
Еще когда раздел про одно, например предмет договора, а там еще напиханы условия из других разделов (порядок оплаты, цена), хотя дальше есть отдельные разделы
Но я считаю большей проблемой создание договора, которые оторван от реальности и от того, как стороны будут его исполнять. Здесь и начинают всплывать проблемы, когда возникает конфликт у сторон договора.