Если магазины и организации находятся в выделенных помещениях, имеющих собственников, то как запретить собственникам пользоваться собственностью по своему усмотрению?
Разве что, поменяв собственника, то есть выкупив собственность.
Если организации используют общедомовые помещения без соответствующего решения собрания собственников, то это незаконно и можно пользоваться всем арсеналом инструментов от общего собрания, до иска об освобождения. Другое дело, что такие случаи сейчас скорее исключение.
В любом случае, можно обращаться в проверяющие и контролирующие службы с заявлениями и жалобами на любые нарушения, усложняя тем самым жизнь предпринимателей и снижая их доход. Если помещения не выведены в нежилые, неправильно оформлен отдельный вход, то возможен и запрет деятельности.