В случае сбоя приложения сформировать и выдать чек можно в течение 24 часов после устранения сбоя. ФНС штрафовать за это не будет (п. 9 ст.3 № 422-ФЗ)
А если вы работаете через платформу "Я - сам" и "Мои самозанятые" (
https://mysmz.ru/), то ваш заказчик получит чек автоматически. По запросу от вас заказчик может через этот сервис удержать и оплатить ваш налог (НПД) за вас. Штрафов не будет